Quando resolvi me desfazer de minha VGA, a primeira coisa que ocorreu ao removê-la e plugar o monitor na Intel HD Graphics 3000 (bom, na mobo ;) foi ter a resolução de tela bugada, pela simples razão de não ter removido os drivers proprietários da Nvidia.

Depois de procurar um pouco, encontrei um http://askubuntu.com/questions/86465/switch-from-nvidia-to-internal-intel-hd-graphics-opengl-does-not-work">post detalhando os passos necessários para “consertar” os drivers.

Primeiro, é necessário expurgar os drivers proprietários da Nvidia:

sudo apt-get purge nvidia*

Ou da ATI/AMD:

sudo apt-get purge fglrx

Em seguida, é necessário remover as configurações do X.org:

sudo rm /etc/X11/xorg.conf

Reinstalar o X.org:

sudo apt-get install --reinstall xserver-xorg-core libgl1-mesa-glx:i386 libgl1-mesa-dri:i386 libgl1-mesa-glx:amd64 libgl1-mesa-dri:amd64

E configurar o X.org:

sudo dpkg-reconfigure xserver-xorg

Depois é só reiniciar a máquina, e voilà! :D